Նորածիններն ու երեխաները կարող են վարակվել ՄԻԱՎ-ով ներարգանդային՝ մոր հղիության ժամանակ, ծննդաբերության ժամանակ և ծնվելուց հետո՝ կրծքով կերակրման ժամանակ, իսկ ավելի ուշ սեռական հարաբերություններից կամ պարենտերալ ճանապարհով:

Քանի որ մահացությունը ՄԻԱՎ վարակով չբուժվող երեխաների շրջանում կյանքի առաջին տարում շատ բարձր է, ուստի ՄԻԱՎ-ի վաղ հայտնաբերումը և բուժման արագ մեկնարկը էական նշանակություն ունեն: ՄԻԱՎ-ի նկատմամբ մայրական հակամարմիններն ընկերքով անցնում են պտղի արյան մեջ, այդ պատճառով ՄԻԱՎ-ի վերաբերյալ շճաբանական հետազոտությունը չի հաստատում ՄԻԱՎ վարակը, այլ միայն վկայում է, որ մայրը վարակված է ՄԻԱՎ-ով և երեխան շփում է ունեցել ՄԻԱՎ վարակի հետ: Միևնույն ժամանակ կապված թե՛ մոր մոտ հակառետրովիրուսային բուժում ստանալու, թե՛ երեխայի կողմից կանխարգելում ստանալու կամ ՀՌՎ բուժում սկսելու հետ, հնարավոր է վիրուսին պատասխան հակամարմինների սինթեզը տեղի չունենա, այդ պատճառով հնարավոր է լինեն կեղծ բացասական արդյունքներ և շճաբանական թեստերի հավաստիությունը կլինի ցածր:

Մինչև 18 ամսական երեխաների ՄԻԱՎ վարակի ախտորոշումը պահանջում է մեթոդներ, որոնք ուղղված են վիրուսի կամ նրա բաղադրիչների հայտնաբերմանը: Վիրուսաբանական հետազոտությունը ներառում է ՄԻԱՎ-ի ԴՆԹ-ի կամ ՌՆԹ-ի հայտնաբերումը:

Առաջին վիրուսաբանական հետազոտությունը կատարվում է ՄԻԱՎ վարակով մորից ծնվելուց հետո 48 ժամվա ընթացքում: Հղիության ընթացքում վարակված երեխաների մոտ այդ հետազոտության արդյունքը հիմնականում լինում է դրական: Այս դեպքում բուժման բացակայության պայմաններում հիվանդությունն արագ պրոգրեսիվում է և կյանքի առաջին ամիսներին հանգեցնում բարձր մահացության: Ծննդաբերության ժամանակ կամ հետծննդյան վաղ շրջանում վարակված երեխաների մոտ այն սովորաբար լինում է բացասական:

2010թ.-ից ԱՀԿ-ն խորհուրդ է տալիս սկսել ՀՌՎ բուժում երեխաների մոտ նախնական դրական վիրուսաբանական պատասխանից հետո, մինչ կկատարվի արյան նոր նմուշառում: 2016թ. ԱՀԿ ուղեցույցով, եթե 2-րդ նմուշը բացասական է, ապա մինչև ՀՌՎ դադարն անհրաժեշտ է իրականացնել կամ որակական կամ քանակական վիրուսաբանական հետազոտություն:

ՄԻԱՎ-ով վարակման վտանգի ենթարկված 18 ամսականից փոքր երեխաների մոտ վիրուսաբանական հետազոտությունների բացակայության դեպքում կարելի է նախնական ախտորոշել ՄԻԱՎ, եթե ՄԻԱՎ-ի վերաբերյալ շճաբանական հետազոտությամբ ստացվել է դրական արդյունք (մոր կամ երեխայի մոտ), և երեխայի մոտ կան ՄԻԱՎ-ին բնորոշ ախտանիշներ`

1) կանդիդոզային ստոմատիտ.

2) ծանր թոքաբորբ.

3) ծանր սեպսիս. կամ

4) ՁԻԱՀ-ինդիկատոր որևէ հիվանդություն,

5) երեխայի մոտ CD4+ լիմֆոցիտների տոկոսը <20%.

6) մոր մոտ ՄԻԱՎ-ի կլինիկական խորացած փուլեր, կամ մոր մահը ՄԻԱՎ-ից:

Երեխայի 18 ամիսը լրանալուց հետո ՄԻԱՎ-ի վերջնական ախտորոշման նպատակով կատարվում է շճաբանական հետազոտություն` ըստ մեծահասակների համար կիրառվող ստանդարտ ախտորոշման ալգորիթմի: Այդ հետազոտության դրական արդյունքի հիման վրա երեխայի մոտ վերջնականապես հաստատվում է ՄԻԱՎ վարակ ախտորոշումը: