ՀՀ ԱՆ Ինֆեկցիոն հիվանդությունների ազգային կենտրոնի Զինվորական բաժանմունքում սպասարկվում են ժամկետային զինծառայողներ, սպաներ, զինթոշակառուներ, այլ ուժային կառույցների ծառայողներ և զինծառայողներին հավասարեցված անձինք (մարտական գործողությունների մասնակիցներ, ԵԿՄ անդամներ և այլն):

1998թ.-ից զինծառայողները սպասարկվում էին Մեծահասակների ինֆեկցիոն բաժանմունքում, որից հետո երկար տարիներ գործել է առանձին Զինվորական բաժանմունք՝ մինչև 2020թ.-ը։ Այդուհետ որպես ենթաբաժին գործել է Մեծահասակների ինֆեկցիոն բաժանմունքում, իսկ արդեն 2022թ.-ի հոկտեմբերից Զինվորական բաժանմունքը վերաբացվել է և գործում է որպես ԻՀԱԿ առանձին բաժանմունք:

Երեսունյոթ մահճակալային ֆոնդ ունեցող բաժանմունքն ապահովված է անհրաժեշտ սարք-սարքավորումներով, մեկուսարաններով և պարագաներով: Այստեղ սուր և քրոնիկ վարակիչ հիվանդություններով պացիենտները ստանում են միջազգային ստանդարտներին համապատասխան ամբուլատոր և ստացիոնար բուժում:

Զինվորական բաժանմունքում պացիենտները բուժում են ստանում տարաբնույթ ինֆեկցիաների դեպքում, մասնավորապես`

• քութեշ,
• կարմիր քամի,
• բրուցելոզ,
• լեյշմանիոզ,
• հեպատիտներ,
• ՄԻԱՎ և այլ համակցված վարակներ,
• աղիքային վարակներ՝ սալմանելոզ, դիզինտերիա, էշերիխիոզ, շիգելոզ, որովայնային տիֆ և պարատիֆ,
• չճշգրտված ծագումնաբանությամբ վարակներ,
• այլ բնույթի վարակիչ հիվանդություններ:

Բաժանմունքում աշխատում են թե՛ երկարամյա փորձով, թե՛ երիտասարդ կադրեր, որոնք պարբերական բնույթ կրող վերապատրաստումների, փորձի փոխանակումների ու աշխատաժողովների ընթացքում ավելացնում են մասնագիտական հմտություններն ու գիտելիքները՝ պացիենտներին առավել արդյունավետ և որակյալ բուժօգնություն տրամադրելու նպատակով: